企业银行账户使用两个U盾和三个U盾的主要区别在于安全性和权限。使用三个U盾的账户通常具有更高的安全级别，需要更多的验证步骤和权限许可才能进行敏感操作（如转账、支付等）。另外，使用三个U盾的账户可能还具有更高的交易限额和更多的控制选项。但是，使用三个U盾也可能需要更多的操作步骤和时间，在操作过程中可能会增加一些不便。例如：三个U盾通常命名为制单盾、复核盾、管理盾，制单盾和复核盾的权限均由管理盾分配，超额度或者笔数权限的需要管理盾重新分配。企业如果跨区域经营，U盾分开不同人保管，这样的细分权限在风险内控上就比较有效。具体选择几个U盾可以根据企业自身经营情况做决定。